El Instituto Universitario Ecoaqua de la ULPGC está dedicado a la promoción de la investigación, innovación y formación de posgrado en la conservación y uso sostenible de los recursos costeros, además del desarrollo de la acuicultura sostenible, con el objetivo de abordar de manera multidisciplinar el ámbito del medio marino y su problemática, así como el estudio y gestión de los recursos naturales. Del total de 18 proyectos relacionados con la acuicultura que desarrolla en la actualidad, ocho son de ámbito europeo: LifeBaqua, PerformFISH, AquaImpact, Islandap, MacBioblue, Mimar, Aquaexcel2020 y EcoAqua.
En lo que respecta a los proyectos de alcance nacional, el instituto universitario de la ULPGC sigue cuatro: Progensa-II, Seriola, Proinmuniol+ y Morfogen. Además, GIA trabaja con Ecuador en un proyecto extracomunitario denominado Ecuanaria.
Ecoaqua cuenta con cuatro divisiones principales que siguen diferentes líneas de investigación: el Grupo de Investigación en Acuicultura (GIA), relacionado directamente con la nutrición de peces y con la acuicultura; el Grupo en Biodiversidad y Conservación (Biocon), dedicado a investigaciones con implicación directa en la pesca de captura y el control de especies en peligro de extinción; el Grupo de Ecofisiología de Organismos Marinos (Eomar), centrado en los estudios sobre ecosistemas marinos, y el Grupo de Turismo, Ordenación del Territorio y Medio Ambiente (Totma), relacionado con el estudio de aspectos jurídicos relativos al medio marítimo y las costas.
A nivel autonómico, en Ecoaqua se acometen distintas investigaciones relacionadas con algunas especies autóctonas de peces, como el medregal, o de moluscos, como la lapa. También trabaja con el desarrollo de la economía circular en Canarias a través de la acuicultura. En concreto estas líneas de investigación son Elite, Melusa, Aquacircular, Medregalgae e Integrab.
